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此頁是关于《綠寶石》的剧情流程，斜体的流程为支线剧情，不是必须进行的流程。
开局
未白镇
选择主角的性别並輸入姓名。
离开货车進入主角家中與媽媽對話，然後到二楼調整牆壁上的时钟。
打开二楼的电脑，可以取走一个伤药。
离开家裡前往劲敌的家，進入二楼後发现劲敌的精灵球，查看（或回到一楼）后遇到劲敌（如果玩家选择小悠作为主角时则为小遥，反之则为小悠）。
离开劲敌的家走到１０１号道路，會發現被蛇纹熊追赶的小田卷博士。
从博士的包包里选择木守宫、火稚鸡或水跃鱼其中之一打倒蛇纹熊。
随后被博士带回研究所，并把主角选择的宝可梦送给主角作为冒险伙伴。
离开未白镇，经１０１號道路前往古玫镇。
古玫镇
与在友好商店门口站着的商店员工对话，得到伤药，商店员工还会带主角认识友好商店。
繼續向上前進來到１０３号道路。
１０３号道路
遇到劲敌，並展開第一次战斗。
战胜后离开１０３号道路，經古玫镇返回未白镇。
未白镇
前往研究所，从博士那里得到宝可梦圖鑑，并從劲敌手中獲得精灵球。
经过家门时妈妈会赠送主角跑步鞋。
离开未白镇經由１０１号道路至古玫镇再向左轉入１０２号道路後抵達橙华市。
橙华市
前往橙华道馆，遇到主角的父亲千里和少年满充。
主角会带领满充到１０２号道路捕捉一只拉鲁拉丝。
主角首次遇到亞希達。
离开橙华市经１０４号道路下半部进入橙华森林。
橙华森林
在中間同時遇到得文公司的职员與海洋队手下，打败海洋队手下後职员會贈予超级球。
离开橙华森林，沿着１０４号道路上半部进入卡那兹市。
卡那兹市
进入训练家学校学习战斗相关的知识（與導師互動可獲得先制之爪）。
前往居合斩大叔的家可以获得秘傳學習器０１（居合斩）。
进入卡那兹道馆，和道馆馆主杜娟进行对战。（获胜後可以获得岩石徽章和招式學習器３９（岩石封锁）。）
离开卡那兹道馆后遇到被抢走得文的物品的职员。
经１１６号道路进入卡绿隧道，在卡绿隧道的入口处遇见被抢走小皮（即长翅鸥）的哈奇老人。
卡绿隧道
在卡绿隧道里遇见海洋队手下，把他打败后获得得文的物品。
在打败海洋队手下后，哈奇老人会答谢主角并让主角前往他在１０４号道路的住处。
離開卡绿隧道，原路返回卡那兹市。
卡那兹市
把得文的物品归还给职员后会把主角帶到得文公司的社长室，并遇到兹伏奇社长。
兹伏奇社长会赠送主角宝可梦导航器，并将给大吾的信和得文的物品托付给主角。
在友好商店附近看見勁敵，對話後展开第二次战斗。
离开卡那兹市前往１０４号道路哈奇老人的家，並乘船前往武鬥镇。
武斗镇
从海边一民居里的垂钓者处获得破旧钓竿。
进入武斗道馆，和道馆馆主藤树进行对战。（获胜後可以获得拳击徽章和 招式學習器０８（健美）。）
离开武斗镇，前往位于１０６号水路的石之洞窟。
石之洞窟
从石之洞窟一名登山男处获得秘傳學習器０５（闪光）
在石之洞窟深處遇到大吾，并把给大吾的信交给他。
离开石之洞窟，返回武斗镇的码头找哈奇老人乘船前往凯那市。
凯那市
前往库斯诺吉造船厂，被告知库斯诺吉馆长在海洋科学博物馆。
前往海洋科学博物馆的二楼，找到库斯诺吉馆长，同时海洋队手下出现和主角对战。
戰勝後老大水梧桐出现把他的手下带走，接著將得文的物品交给库斯诺吉馆长。
离开凯那市前往１１０号道路。
１１０号道路
途中遇到勁敵的挑战，第三次战斗勝利以后得到探宝器。
前往紫堇市。
紫堇市
前往风野自行车店领取音速自行车或越野自行车其中之一，随后的旅途中可以回到这里更换自行车。
在一间房子里能获得秘傳學習器０６（碎岩）。
前往紫堇道馆，到门口满充會發起對戰。
进入紫堇道馆，和道馆馆主铁旋进行对战。（获胜後可以获得电力徽章和招式學習器３４（电击波）。）
離開紫堇市经过１１７号道路进入绿茵镇。
绿茵镇
對戰帳篷內的女孩會贈送玩家招式學習器４５（迷人）。
在此處的對戰帳篷勝利後可獲得巢穴球。
卡绿隧道
打通隧道，随后阿滿的男朋友会赠送主角秘傳學習器０４（怪力）。
離開卡绿隧道與绿茵镇返回紫堇市。
１１１号道路
從紫堇市向上行進來到１１１号道路。
打敗連勝家族後進屋和母親安江對話可獲得强制锻炼器。
在尚未獲得ＧＯＧＯ護目鏡之前無法通過中央的沙漠，因此先往左轉入１１２号道路。
１１２号道路
此時登山纜車的入口會有兩名熔岩隊的手下擋住通道，只能先經過烈焰小径抵達１１１号道路北部。
在沙漠北方一棵大树下的男孩會贈送招式學習器４３（秘密之力），可用來創造秘密基地。
繼續沿著道路走向１１３号道路。
１１３号道路
在琉璃工坊获得集灰袋後，透過行走草叢可收集火山灰製作家具。
向左行進到秋叶镇。
秋叶镇
首次進入宝可梦中心會遇到真由美，對話完便離開返回家裡。
在此處的對戰帳篷勝利後可獲得厉害伤药。
中局
１１４号道路
離開秋葉鎮，前往１１４号道路。
與上方屋子裡的小男孩對話獲得招式學習器２８（挖洞）。
在真由美家中與之交談可獲得莲叶童子布偶。
通过１１４號道路進入流星瀑布。
流星瀑布
熔岩隊的手下與海洋隊的手下在此偷走了索藍斯博士的陨石。
離開洞窟後通过１１５号道路回到卡那茲市。
烟囱山
從卡那茲市經卡綠隧道返回紫堇市。
再次來到１１２号道路，原本擋在纜車入口的熔岩隊的手下已經離開。
搭乘纜車後繼續往山頂方向行走，途中與數名熔岩隊的手下展開戰鬥。
在火山口發現熔岩隊老大赤焰松，交談並擊敗他後便會與其他熔岩隊的手下離開。
海洋隊老大水梧桐前來致謝，一旁的機器可以拾取陨石。
釜炎鎮
從纜車車站往下走，經凹凸山道來到釜炎鎮。
和溫泉區的老婆婆說話，取得寶可夢的蛋，可以孵出小果然。
和中藥店裡的老人說話獲得木炭。
进入釜炎道馆，和道馆馆主亞莎进行对战。（获胜後可以获得烈焰徽章和招式學習器５０（过热）。）
從道館出來後會遇到勁敵，並贈予ＧＯＧＯ护目镜。
沙漠
離開釜炎鎮向右行走回到１１２号道路，並前往１１１号道路中部的沙漠。
在幻影之塔內部可以發現爪子化石與根状化石，兩者擇一後地面塌陷致使其消失。
將化石攜帶至得文公司可復活太古羽蟲或觸手百合。
秋葉鎮
將隕石交還南邊屋內的索藍斯博士可獲得招式學習器２７（報恩）。
橙華市
進入橙華道館和道馆馆主千里进行对战。（获胜後可以获得天秤徽章和招式學習器４２（硬撑）。）
满充的爸爸出現將主角帶回家，並贈予玩家秘傳學習器０３（衝浪）。
未白鎮
回到主角居住的家中與媽媽對話可得到护符金币。
紫堇市
再次來到紫堇市會發現道馆馆主铁旋在市中心等待，交談後獲得地下鑰匙。
前往位於１１０号道路的新紫堇，使用鑰匙進入後到深處按下紅色按鈕。
返回紫堇市找铁旋即可獲得招式學習器２４（十萬伏特）。
１１８号道路
向右行進至１１８号道路，渡水後與海灘的釣魚者對話獲得好钓竿。
上岸後遇到大吾，但不會發生事件。
１１９号道路
由１１８号道路向上轉入１１９号道路，走到天氣研究所時會發現前面的橋被海洋隊的手下擋住。
進入天氣研究所內擊敗海洋隊的手下後，博士將贈與飘浮泡泡（持有神秘水滴）。
離開天氣研究所過橋後遇上勁敵，對話後進入第四次战斗。，胜利后获赠秘傳學習器０２（飞翔）。
茵鬱市
和上方由左數來第二間房子裡的老婆婆玩猜謎（順序為右、右、左），答對三次可得到招式學習器１０（觉醒力量）。
由於道館被不知名的物體阻擋去路，因此繼續向右來到１２０号道路。
過橋後會看到大吾，交談後發現原來是变隐龙，隨即進入戰鬥。
戰鬥結束後大吾便贈送玩家得文侦测镜。
回到茵鬱市，使用得文偵測鏡排除擋住通道的變隱龍。
進入茵鬱道館與道館館主娜琪進行對戰。（获胜後可以获得白羽徽章和招式學習器４０（燕返）。）
１２０号道路
第一座橋下的山洞裡可拾取招式學習器１１（大晴天）。
行至盡頭右轉通向１２１号道路。
１２１号道路
持有宝可方块盒之後才能進入狩猎地带。
通過１２１号道路來到水靜市。
水靜市
勁敵出現在水静百货門口，與之對話進入第五次战斗。
在華麗大賽會場內與櫃台小姐對話獲得宝可方块盒。
海崖上的小屋裡住著一名男子，會贈予玩家招式學習器４４（睡覺）。
１２２号水路
經由１２１号道路繞行至１２２号水路，進入地圖中央的送神山。
由外部登上山頂，途中與多名海洋隊的手下展開戰鬥。
海洋隊老大水梧桐離開後從老婆婆手中取得熔岩标志。
凹凸山道
隕石事件後，原先駐足在此的熔岩隊的手下已經消失。
玩家一旦靠近半山腰處，岩壁將會自動出現熔岩隊基地的入口。
抵達最深處發現熔岩隊老大赤焰松正以靛蓝色宝珠喚醒固拉多。
固拉多甦醒後立刻消失，隨即與赤焰松展開對戰。
凱那市
再次來到凱那市，發現庫斯諾吉館長正在港口召開記者會。
此時海洋隊忽然出現搶走潛水艇。
離開凱那市後迅速返回水靜市。
水靜市
前往右上方的海洋隊基地，抵達深處卻仍然被潛水艇逃走了。
１２４号水路
離開海洋隊基地繼續向右行經１２４号水路前往綠嶺市。
於水下蒐集各色碎片後可於尋寶者的小屋兌換為進化之石。
终局
綠嶺市
海灘上的武道家可傳授宝可梦爆裂拳（僅限一次）。
跟寶可夢中心旁的男生對話可獲得王者之证。
右上房子裡的釣魚者會贈送厉害钓竿。
進入綠嶺宇宙中心和靠近入口處的遊客交談獲得日之石。
在綠嶺宇宙中心一樓發現大吾和桌上的熔岩隊預告信。
進入綠嶺道館與道館館主小楓與小南進行對戰。（获胜後可以获得心灵徽章和招式學習器０４（冥想）。）
二度前往綠嶺宇宙中心，出現多名熔岩隊的手下。
在二樓最裡面發現熔岩隊幹部火村與熔岩隊老大赤焰松，並與大吾搭檔進入戰鬥。
戰勝後來到綠嶺市左上方的大吾家，會贈與主角秘傳學習器０８（潛水）。
１２８号水路
離開綠嶺市後經１２７号水路來到１２８号水路。
在深水處使用潛水下潛，進入海底洞窟。
海底洞窟
發現海淵１號，浮出水面後進入洞口。
沿途打倒海洋隊的手下，並一路前進到最深處。
靠近蓋歐卡時海洋隊老大水梧桐突然現身，隨後展開對戰。
無論輸贏，對戰後水梧桐都會以朱红色宝珠喚醒蓋歐卡，但它立刻消失在洞窟中。
接著熔岩隊老大赤焰松出現，顯得非常慌張。
回到海面發現天氣已經陷入異常，然後水梧桐與赤焰松對話完便離開。
１２６号水路
向左行至１２６号水路並使用潛水前往琉璃市。
琉璃市
發現固拉多與蓋歐卡正互相打鬥，並在左側看見大吾。
與大吾交談後他會帶領主角來到覺醒神殿，進入後會在深處找到米可利。
告知米可利烈空坐應該位於天空之柱，他隨即離開祠堂。
跟著米可利的腳步出了琉璃市，經１３１号水路前往天空之柱。
天空之柱
米可利打开天空之柱的门。
爬上天空之柱的頂樓找到烈空坐，隨後返回琉璃市。
琉璃市
經由烈空坐的調停終於平息了固拉多與蓋歐卡的爭鬥，最後超古代寶可夢各自離開了琉璃市。
和海洋隊老大水梧桐交談以後他會與熔岩隊老大赤焰松一同離開，再與米可利說話就會獲得秘傳學習器０７（攀瀑）。
此时可以前往送神山山顶，可以看见赤焰松和水梧桐归还了靛蓝色宝珠和朱红色宝珠。
進入琉璃道館與道館館主亞當進行對戰。（获胜后可以获得雨滴徽章和招式學習器０３（水之波动）。）
在左上方民房內的男子會贈送招式學習器３１（劈瓦）。
彩悠市
離開琉璃市回到１２８号水路，向右行至盡頭後爬上瀑布來到彩悠市。
通過冠軍之路，途中遇到满充並展開戰鬥。
進入彩悠市的大廈挑戰四天王，並與冠軍米可利進行寶可夢對戰，獲勝後成為冠軍，登入名人堂。观看结局画面。
登入名人堂后
未白镇
回到家。下楼后父亲赠送船票，可以在凯那市或水静市登上破浪号。
父亲走后，电视播出爆炸性新闻，之后妈妈询问宝可梦颜色（决定游走宝可梦是拉帝亚斯*还是拉帝欧斯*，另一只宝可梦出现在南方孤岛）。
出门后，小田卷博士将宝可梦图鉴升级为全国版。
凯那市（或水静市）
在码头乘船。在船舱内遇到亚希达，得知对战开拓区开放，需要下次乘船。在第二间房间休息一下就抵达水静市（或凯那市）。
对战开拓区
从招待处获得开拓区通行证。
在一个房子内可以用向尾喵交换一只喵喵
在对战开拓区右下角对树使用吼吼鲸喷壶可以与树才怪对战，之后可以从树才怪的位置冲浪，滑下瀑布达到工匠之穴，这是第三世代唯一可以捕捉图图犬的地方。
１１４号道路
在化石迷之家中的洞穴最深处可以获得爪子化石*或根状化石*。
流星瀑布
在流星瀑布的深处可以与大吾对战，大吾的队伍等级较高。
传说的宝可梦
雷吉洛克、雷吉艾斯、雷吉斯奇鲁
将同行宝可梦调整为第一只是吼鲸王，最后一只是古空棘鱼。
从暮水镇冲浪向左，经过急流来到１３４号水路。在深水区下潜。
在下方发现石板。上浮，来到布告石室。
阅读石板。对最中央的石板使用挖洞，会出现一个洞。进入。
直接阅读最里面墙上的石板，引发地震。
前往１１１号道路的沙漠，发现沙漠遗迹。阅读石板，之后按照←←↓↓行走并使用碎岩，遗迹内的门打开，在里面会出现雷吉洛克。
前往１０５号水路的左侧水域，发现小岛洞穴。阅读石板，之后沿着石壁走一圈，遗迹内的门打开，在里面会出现雷吉艾斯。
前往１２０号道路的左侧，发现古代坟墓内，阅读石板，之后在遗迹最中央使用闪光，遗迹内的门打开，在里面会出现雷吉斯奇鲁。
拉帝亚斯、拉帝欧斯
全丰缘地区游走。若主角在首次登入名人堂并回家后选择宝可梦颜色为“红色”，则游走宝可梦是拉帝亚斯；若为“蓝色”，则游走宝可梦是拉帝欧斯。
另一只宝可梦出现在南方孤岛，并且携带着心之水滴，需要无限船票*。游走宝可梦的个体值和性格在事件触发时确定。
盖欧卡、固拉多
前往１１９号道路的天气研究所，在2楼馆长告知主角某处出现异常天气。
若为“出现大量降雨”：
前往该道路，发现大量降雨。在水路上可以找到原来没有的深水区。潜入。
在海底洞穴内上浮，发现海之窟。
在海之窟最深处发现盖欧卡。
若为“气候比较干燥”：
前往该道路，发现天气干燥。在道路上可以找到原来没有的洞口。进入。
在陆之窟最深处发现固拉多。
陆之窟与海之窟永远不会同时出现。
烈空坐
前往天空之柱，骑上音速自行车穿过即将崩塌的地板(在最上面一层需要从最里面的裂缝地板上掉下来，掉至下一层的被岩石围起的楼梯口）。
在顶层发现烈空坐。
烈空坐剧情在琉璃市剧情结束后就可发生。
获得其他传说的宝可梦
前往以下地点可获得傳說的寶可夢：
宝可梦
地点
注释
夢幻
邊境的小島
得到古航海圖後，在邊境的小島上追逐夢幻
洛奇亞
肚臍岩最深處
得到神秘船票後
鳳王
肚臍岩山頂
得到神秘船票後
代歐奇希斯
誕生之島
得到極光船票，多次用最短路程調查隕石後
宝可梦游戏流程《寶可夢》系列红／绿／蓝／皮卡丘 • 金／银／水晶版 • 红宝石／蓝宝石 • 火红／叶绿 • 绿宝石钻石／珍珠 • 白金 • 心金／魂银 • 黑／白 • 黑２／白２ • Ｘ／Ｙ • 欧米伽红宝石／阿尔法蓝宝石太阳／月亮 • 究极之日／究极之月 • Let's Go! 皮卡丘／Let's Go! 伊布剑／盾（扩展票） • 晶灿钻石／明亮珍珠 • 传说 阿尔宙斯 • 朱／紫（零之秘宝）• 传说 Z-A（超次元爆涌）不可思议迷宫系列流程赤之救助队／青之救助队 • 时之探险队／暗之探险队／空之探险队炎之冒險團／嵐之冒險團／光之冒險團 • 极大之门与无限迷宫 • 超级不可思议迷宫 • 救助队DX不可思议迷宫系列性格测试赤之救助队／青之救助队 • 空之探险队 • 超级不可思议迷宫 • 救助队DX